特定口座を開設する際又は開設後に、信用取引についても特定口座で管理することを選択することができます。この場合、特定口座の開設後であれば、「特定口座異動届出書」の提出が必要となります。

信用取引による差金決済の都度、差損益の計算を行うこととなります。この場合、総平均法に準ずる方法により取得価額の計算を行うのではなく、現行のとおり、個別の取得価額によります。

特定口座において信用取引で買建てたものを、特定口座の中で現引きする場合には、買建てた時における取得価額及び取得の日をもって、管理されることとなります。
また、特定口座において信用取引で売建てたものを、特定口座の中で現渡しする場合には、現渡し時に譲渡をしたこととされます（源泉徴収選択口座の場合には、現渡しの際に、源泉徴収が行われます）。