当社から交付いたします年間取引報告書には、年間の総売却金額、総取得価額、所得又は損失の額、信用の別など、確定申告に必要な内容が記載されることとなります。この内容を、確定申告書の所定の欄にそれぞれ記載し、特定口座年間取引報告書を添付して、確定申告を行うこととなります。
また、複数の金融商品取引業者において特定口座を開設している場合には、それぞれの金融商品取引業者から特定口座年間取引報告書が交付されることとなります。この場合、それぞれの特定口座年間取引報告書及びこれらの特定口座年間取引報告書の金額を合計した合計表（株式等に係る譲渡所得等の計算明細書）を添付して、確定申告を行うこととなります。なお、源泉徴収選択口座の譲渡損益については、確定申告を行わなくてもよいこととなっています。

特定口座の他で、株式等の譲渡損益があった場合には、この譲渡損益と年間取引報告書の譲渡損益とを合算したうえで、確定申告を行って頂くことになります。 この場合、投資家のみなさまは、年間取引報告書の添付の他、特定口座外で売却された株式等の譲渡損益についての「株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書」を作成・添付する必要があります。

平成15年1月以後、その年の上場株式等に係る譲渡損益を通算した後に生ずる損失については、確定申告をすることにより、3年間に限り、損失の繰越控除を認められます(損失の繰越控除)。特定口座において生じた売却損失もその対象となります。(未公開株式などは、対象となりません。)

特定口座において行われる上場株式等の譲渡損益の計算は実際の取得価額を基礎として行うこととされており、取得費特例を用いて平成13年10月1日の市場価格の80％の価額を売却原価として上場株式等の譲渡損益の計算をすることはできません。
なお、特定口座からの上場株式等の引出し（この場合の引出しとは、現物の引出しと一般の保護預り口座への移管を含みます。）はその上場株式等の引出しの日において特定口座において管理されている取得の日及び取得価額により行われます。この場合、複数回にわたって特定口座を通じて購入された同一銘柄のうち、一部又は全部が引き出される場合には、先に取得したものから順次払い出されたものとされる取得の日により、引き出されたものとされます。また、引き出す際には、金融商品取引業者から、この取得価額及び取得の日について、お客様に通知されることとなります。
また、当初、経過措置の適用により平成13年10月1日の価額の80％の価格で特定口座に入れた上場株式等については、特定口座から引き出す前に同一銘柄を買い増ししていると、この引き出される銘柄の取得価額は平均されることとなりますので、平成13年10月1日の価額の80％の価格とはなりませんのでご注意ください。