特定口座の開設をお客様が選択されたということに鑑みますと、金融商品取引業者からは、お客様の行うすべての上場株式等の取引については特定口座を通じて行っていただくよう、要請があるものと考えられます。ただし、義務ではありません。

金融商品取引業者では、特定口座における損益の計算は、売却の日(約定日)をベースに行います。同日中に、同一銘柄を複数回に分けて売却する場合には、税法上、最後の譲渡のときに、すべての譲渡があったものとみなされます。例えば、午前中に1,000株、午後に1,000株、同一銘柄を売却した場合、その日の午後に2,000株売却したものとして譲渡損益の計算を行います。

投資家のみなさまが保管振替機構への再預託に同意される場合には、株式分割、株式併合などの発生により、特定口座に入っている上場株式等の株数は自動的に調整されることとなります。この場合、取得価額についても、再計算されることとなります。ただし、再寄託に同意されていない場合には、特定口座上、株数が自動的に調整されないこととなります。また、株式分割によって取得した子株の取得の日は、取得の基因となった親株の取得の日となります。
株式交換・移転により取得した新株式（親会社株式）の取得価額は、その取得の基因となった上場株式等（子会社株式）の取得価額を交換・移転比率に基づき再計算したものになります。また、新株式（親会社株式）の取得の日は、その取得の基因となった上場株式等（子会社株式）の取得の日となります。
なお、特定口座外で管理されている上場株式等（子会社株式）について、平成13年10月1日以後に株式交換・移転があった場合でも、その上場株式等（子会社株式）を平成13年9月30日以前から引き続き所有していた場合には、株式交換・移転により取得した上場株式等（親会社株式）の譲渡損益の計算上、「取得費特例」を適用することができます。